Un nouveau prêt Tech Seed pour démocratiser le séquençage de l’ARN

18.03.21 – Alithea Genomics, startup de l’EPFL, entend bien faire avancer la recherche plus rapidement avec le développement d’une technologie unique permettant de démocratiser le séquençage de l’ARN. Grâce au soutien de la FIT, la startup va pouvoir expérimenter son process à plus large échelle, ouvrant ainsi l’espoir de voir le séquençage de l’ARN se généraliser dans la médecine de précision.

Depuis quelques temps, le grand public s’est presque familiarisé avec le terme d’ARN tant celui-ci est véhiculé par les médias dans la recherche d’un vaccin contre le Covid. Mais qu’est-ce que l’ARN exactement ? Il s’agit d’une molécule issue de la transcription d’un gène, qui permet la synthèse d’une protéine. Cet ARN peut être séquencé, en vue notamment de trouver une réponse à certaines maladies. L’analyse de l’expression des gènes dans les échantillons biologiques est cruciale pour la compréhension de la cause de maladies complexes et l’étude de traitements potentiels. Mais ce procédé tel qu’il est appliqué actuellement est long, coûteux, laborieux, et bloque ainsi certaines recherches.

La technologie développée par Alithea Genomics entend solutionner cela en proposant une technique inédite appelée “Bulk RNA Barcoding followed by sequencing” (BRB-seq) qui est capable de préparer des milliers d’échantillons d’ARN pour le séquençage, et ce dans un seul et même tube. Une méthode d’optimisation qui réduit considérablement la quantité de réactifs et le temps du personnel nécessaire pour mener à bien des projets à grande échelle. « BRB-seq libère le vrai potentiel duséquençage de l’ARN pour la médecine de précision. Nous amenons ainsi des solutions de transcriptomique rentables pour la recherche pharmaceutique biomédicale axée sur la découverte de biomarqueurs et le développement de médicaments. Et en optimisant les coûts opérationnels du séquençage de l’ARN tout en augmentant considérablement le débit des échantillons analysés, nous rendons possibles des projets qui étaient auparavant économiquement et pratiquement irréalisables. » expliquent les co-fondateurs d’Alithea, Riccardo Dainese et Daniel Alpern.

Le processus fournit aux plateformes de R&D des données exploitables très complètes et pertinentes, rendant ainsi les efforts de fonctionnalisation des biobanques et de criblage des médicaments plus efficaces. Le champ des possibles est infini et laisse entrevoir l’éventualité d’une démocratisation de ce procédé dans le futur.

Alithea Genomics a été fondée par Daniel Alpern, Riccardo Dainese et Bart Deplancke, rejoints ensuite par Mustafa Demir. Leurs expériences respectives en bio-ingénierie, biologie moléculaire, génomique et exploitation de labos attestent de leur complémentarité.

La start-up travaille en collaboration avec l’EPFL et est également soutenue par Venturekick, Innogrants, ENABLE et Catalyze4Life. Les prochaines étapes concerneront, entre autres : le lancement des kits MERCURIUS BRB-seq en mars 2021 qui permettent de réaliser la BRB-seq sur 96 échantillons, le développement du PoC pour le système MERCURIUS High Throughput BRB-seq d’ici septembre 2021 qui permettra de traiter jusqu’à 1536 échantillons dans un tube, et le développement d’une solution automatisée pour cette méthode.

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